Link, un jeune fermier du village de Toal dans la contrée de Latouane, vit paisiblement avec ses amis, 3 enfants turbulents, et sa jument, Epona. Mais les enfants et leur amie Iria sont enlevés par un monstrueux chef Orque. Link tente de les rattraper mais se retrouve soudain face à un rideau noir et inquiétant. Une énorme main sort alors de ce rideau et happe Link. Link se retrouve enfermé dans une cellule et transformé en loup. Une créature nommée Midona (Midna dans la version anglaise) l'aide à s'échapper et lui explique qu'il se trouve dans le château d'Hyrule. Celui-ci est enveloppé par un mystérieux brouillard et ses habitants sont transformés en fantômes. Quand Midona se rend avec Link dans une des tours du château, elle lui présente Zelda, la princesse d'Hyrule, elle aussi emprisonnée. Elle explique que son royaume a été envahi par Xanto, le roi du monde du Crépuscule et qu'elle a dû dire à ses soldats de rendre les armes pour que les habitants d'Hyrule soient épargnés. Plusieurs parties du royaume sont aussi plongées dans le Crépuscule Link, ramené dans le territoire plus sûr de son village natal, entreprend une quête avec Midona pour repousser le Crépuscule dans différentes régions d'Hyrule. Midona se sert également de Link pour trouver les Cristaux d'Ombre, trois objets dont le pouvoir peut vaincre Xanto. Finalement, Link et Midona réussissent à ramener la lumière dans tout le royaume, à l'excpetion du château. La barrière qui entoure le château peut être détruite grâce aux Cristaux d'Ombre. Lorsque Link et Midona trouvent le troisième et dernier Cristal, Xanto apparaît et blesse gravement Midona, vole tous les Cristaux d'Ombre et transforme Link en loup de façon permanente. La seule personne capable de sauver Midona n'est nulle autre que Zelda,celle-ci fit savoir à Link que seul excalibur l'épée légendaire pouvait le libérer de ce maléfice, après cela elle décida de sacrifier sa conscience pour fusionner avec Midona. Celle-ci explique ensuite qu'elle est de la même race que Xanto, et qu'elle devrait être la princesse du Crépuscule et que Xanto l'a transformée en lutin. Elle dit aussi qu'elle doit retrouver le Miroir du Crépuscule, un miroir qui permet de se rendre dans l'autre monde. Cet objet a été brisé par Xanto, mais seul le vrai souverain du Crépuscule peut le détruire complètement. Entretemps, Link trouve l'épée Excalibur, qui lui permet de retirer une pierre que Xanto lui avait incrustée dans le front. Celle-ci le maintenait sous sa forme de loup, même dans le monde de lumière. Ainsi, à l'avenir, à l'aide de cette pierre, Link pourra retrouver sa forme humaine et de se transformer en loup quand il le souhaite. Après avoir retrouvé les trois fragments du Miroir, Link et Midona se rendent au monde du Crépuscule pour rencontrer Xanto, qui révèle que depuis longtemps, il avait tenté de devenir le roi du Crépuscule, mais toutes ses tentatives furent vaines. Un jour, lorsqu'il était désespéré, il se tourna vers le ciel et vit Ganondorf, l'homme qui avait été banni dans le monde du Crépuscule, lui apparaître en se faisant passer pour un dieu. Il donna à Xanto assez de pouvoir pour usurper le trône. Après avoir raconté son histoire, Xanto attaque Link et Midona en riant comme un fou. Après un duel acharné, il baisse pavillon et se fait détruire par Midona, qui récupère les Cristaux d'Ombre. Xanto reste cependant vivant tant que Ganondorf est en vie. C'est pour cette raison que Midona détruit la barrière qui entoure le château d'Hyrule avec ses nouveaux pouvoirs et part avec Link à la rencontre de Ganondorf. Après un combat contre le corps possédé de Zelda, contre Ganon, un affrontement à cheval et un duel à l'épée, Link parvient à tuer Ganondorf. Midona retrouve sa forme normale (une grande et belle femme) et décide qu'il est mieux d'éviter que tous ces événements ne se reproduisent. Elle détruit donc le Miroir avant de retourner dans son monde pour toujours.
