À l'origine, Nintendogs était prévu pour la GameCube mais le projet fut porté sur la console portable. Le jeu a fait sa première apparition officielle à l'E3 2004 sous forme d'une démo. Pendant un temps, la version américaine du soft devait être nommée Puppy Times.
Sa sortie au Japon, ainsi que celle de Brain Training propulseront les ventes de son support sur l'archipel, qui connaissait jusqu'alors des ventes plutôt moyennes. Alors qu'une commercialisation pour les marchés américains et européens était jusqu'alors hypothétique, l'ampleur du succès convainc Nintendo d'exporter le jeu. Après une sortie plus que satisfaisante au États-Unis, la surprise viendra du marché européen, puisque la sortie du jeu combinée à une baisse de prix de vingt ¤uros de la Nintendo DS ainsi que la disponibilité de deux nouveaux coloris (bleu et rose) propulseront les ventes de cette dernière sur le vieux continent qui seront multipliées par huit en une semaine. Le jeu connaît alors son plus grand succès qui engendre notamment une rupture de stock record de quatre mois en France. Aujourd'hui encore, il y a au moins une version qui apparaît dans les vingt meilleures ventes de logiciels vidéo-ludiques hebdomadaires depuis son lancement. Le succès est tel que Nintendo lance alors une quatrième version du jeu, Nintendogs : Dalmatien et ses Amis, identique aux versions précédentes avec seulement une facilité à débloquer certaines races difficiles à obtenir sur les autres opus. L'Europe se verra alors recevoir le rare honneur d'accueillir en premier cette nouvelle version, le 16 juin 2006 alors que les États-Unis eux attendront le 16 octobre de la même année et le Japon ne s'offrit jamais celle-ci. Ainsi en Europe, une Nintendo DS sur deux possède au moins une version de Nintendogs, soit un ratio rarissime de 50 Les Nintendogs apparaisent dans Super Smash Bros. Brawl comme trophée aide.


